Van oorsprong behoort "De Bonnen" tot het zeekleilandschap, oftewel het aandijkingenlandschap. Restanten van de oorspronkelijke landschappelijke structuur zijn aanwezig in de vorm van een voormalig haakwalcomplex loodrecht op de kust, waarvan het Staalduinse bos er een is en het gebied van de Dwarshaak een andere. Deze haakwal loopt door tot in Hoek van Holland langs de Cordesstraat naar het Roomse Duin. De haakwal van de Staalduinen gaat over in het Nieuwlandse Duin en het Hillduin. Vroeger lag tussen het Nieuwlandse Duin en de Cordesstraat en de Krimsloot ook nog een polder, geheten "De Noord-Bonnen".

Tussen deze twee haakwallen liep vroeger een kreek, "de Rel", die in open verbinding stond met de Maas. De loop van deze kreek herkent men nog in de sloot langs de Bonnenweg. Bij het inpolderen van de Oranjepolder (1640) werd "de Rel" vanaf het huidige Oranjekanaal het Spui genoemd. In het land van Henk van de Drift nabij "de blauwe brug" herkent men nog steeds deze oude ontwatering. Bij het graven van de Nieuwe Waterweg werd een nieuwe afwatering gerealiseerd middels het Oranjekanaal.

Door aanleg van de Bonnendijk in 1718 werd de Lange Bonnen ingepolderd. Hierdoor werden overstromingen geweerd en kon het gebied in ontginning worden gebracht. Dit was in deze periode nog handwerk, waarbij het vervoer van grond gebeurde door middel van paard en wagen. De langgerekte sloten tussen de smalle percelen zijn dus ooit met de schop in de hand gegraven. Deze oorspronkelijke strokenverkaveling is nog steeds zichtbaar. De Lange Bonnen is traditioneel altijd voornamelijk als bouwland geëxploiteerd Arie Noordam heeft vroeger ook melkvee gehad, maar deze liepen op de Bonnendijk en vlak bij de boerderij van Noordam lag altijd wel een perceel in grasland. Momenteel heeft Arie Noordam vleesvee, wat schapen en enige paarden.

De Korte Bonnen werd in 1778 ingedijkt middels versterkingen van langs de Maasoever lopende duintjes. Deze versterkingen waren echter ontoereikend, waardoor het gebied toch nog periodiek overstroomde. Bewoning werd pas mogelijk bij het graven van de nieuwe Waterweg. In de gevel van de boerderij van Vreugdenhil zit nog steeds de steen van de eerste boerderij uit 1876. In 2001 is het dus 125 jaar dat er sprake is van bewoning van de Korte Bonnen. Dit gebied was traditioneel hoofdzakelijk in gebruik als grasland. Alleen in de oorlogsjaren is er ook sprake geweest van bouwland in het noordwestelijke deel van het gebied. Op het bouwland werden vroeger ook gewassen geteeld die in dienst stonden van de veehouderij. Zo werd er haver geteeld voor de paarden en het stro kon dienst doen als strooisel. Er werden ook voederbieten geteeld en klaver. In deze oorlogsjaren werd in de meidagen van 1940 de boerderij van Vreugdenhil vernield.

De huidige boerderij werd in 1942 opgeleverd. Men ziet dan ook nog een gevelsteen waarbij een leeuw in vlammen is afgebeeld. Deze oorlogsjaren hebben ook hun sporen nagelaten in de grond. In het land van Vreugdenhil herkent men nog steeds de contouren van waar ooit een tankval heeft gelegen. Bij de Nieuwlandse Dijk tussen Haakweg en Nieuwelaan zit in het groen verstopt nog steeds een betonnen wal met punten. Tevens is aan onder meer de kiezels nog steeds herkenbaar waar ooit een rails heeft gelopen vanaf de spoorlijn naar het Staalduinse Bos. Bij het ploegen komen er juist in het perceel achter de boerderij van Vreugdenhil nog steeds brokken beton boven van geschutskoepeltjes. Het grotere verdedigingswerk ziet men nog in de vorm van bunkers, met name langs de Bonnendijk.